虽然EDI膜块的进水条件在很大的程度上减少了膜块内部阻塞的机会，但是随着设备运行时间的延展，EDI膜块内部水道还是有可能产生阻塞，这主要是EDI进水中含有较多的溶质，在浓水室中形成盐的沉淀。如果进水中含有大量的钙镁离子（硬度超过0.8ppm）、CO2 和较高的 PH 值，将会加快沉淀的速度。遇到这种情况，我们可以通过化学清洗的方法对EDI膜块进行清洗，使之恢复到原来的技术特性。
通常判断
EDI膜块被污染堵塞可以从以下几个方面进行评估判定：
1、在进水温度、流量不变的情况下，进水侧与产水侧的压差比原始数据升高 45%。
2、在进水温度、流量不变的情况下，浓水进水侧与浓水排水侧的压差比原始数据升高45%。
3、在进水温度、流量及电导率不变的情况下，产水水质（电阻率）明显下降。
4、在进水温度、流量不变的情况下，浓水排水流量下降35%。
膜块堵塞的原因主要有下面几种形式：
1、颗粒/胶体污堵
2、无机物污堵
3、有机物污堵
4、微生物污堵
